由于《数学模型与实验》课程“用数学”的特性，重新全面确立评价标准和内容显得尤为重要，即：使学习评价从单纯检查掌握知识向既检查知识又考查能力的综合性评价过渡，从单纯比分数的模式向与教学目标比距离的评价模式转变，注重对教学过程的全程评价。具体做法是：学生的学习评价由两部分组成，一部分是笔试成绩，另一部分是学生的课程论文或科技论文。
《数学模型与实验》课程培养目标的核心之一是要求学生应用算法设计、程序设计思想和方法求解相应的数学模型。当学生完成一个模型求解的全过程后，就应该把所做的工作进行小结，写成论文，即课程论文。课程论文的题目由学生自己根据实际情况选定，教师只充当指导的作用。
课程论文的评分标准主要有以下几个方面：
1）问题提出的科学性
2）模型建立的合理性
3）算法设计的收敛性
4）程序设计的正确性
除正文外，课程论文还要求写出摘要。摘要应把算法设计和程序设计的主要思路、技巧和特色讲清楚，使人们能从中看到其创新点。
